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超全的二代测序文库构建方法集合

二代测序技术飞速发展,新方法新技术层出不穷,为解决各种悬而未决的生物学难题提供了新的角度和新希望。总的来说,二代测序技术可以划分为「基因组测序」、「转录组测序」以及近些年十分火热的「表观基因组测序」和「表观转录组测序」。

从前,我们没有选择;而如今,我们选择太多。这一点不仅适用于电视节目,也适用于逐年涌现的新的二代测序方法。我们迫切地想知道,自己的课题应该采用哪种二代测序方法;这些二代测序方法的原理和优劣如何;如果做这个实验,需要用到哪些试剂和耗材。

那么,是否存在这样一个平台,汇集了以上所有的信息呢?答案是肯定的。今天为大家分享 Illumina 搭建的测序方法平台:Sequence Method Explorer。

超全的测序技术集合:Sequence Method Explorer

网址:https://www.illumina.com/science/sequencing-method-explorer.html

Part1: Genome

Illumina将基因组DNA测序按照目的分为三类:DNA Low-Level Detection、Rearrangements and Markers、Protein-Protein Interaction。

DNA Low-Level Detection

一共包含18种测序技术。其主要包含遗传变异、拷贝数变异、遗传元件(比如STR)变异、非PCR扩增技术、单细胞基因组和转录组关系分析、单细胞染色质状态分析、单细胞基因表达与表观遗传的平行分析、单细胞的染色质开放性等。几个例子如下:

smMIP:The single-molecule molecular inversion probes (smMIP) method uses single-molecule tagging and molecular inversion probes to detect and quantify genetic variations occurring at very low frequencies.

MIPSTR:a method for multiplex genotyping of germline and somatic STR variation across many individuals. This method is a variation of the single-molecule molecular inversion probes (smMIP) approach and a novel mapping strategy.

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